Die Saison 2003 begann damit, dass die Iren eine Reihe wichtiger Spieler durch ihren Abschluss verloren, darunter Arnaz Battle und Center Jeff Faine . Sie wurden jedoch durch die Rückkehr von Julius Jones, der nach einem Jahr akademischer Unzulässigkeit wieder in das Team aufgenommen wurde, unterstützt. In Willinghams erstem vollen Rekrutierungsjahr unterschrieb er eine Top-5-Klasse. Von den 20 unterzeichneten Rekruten waren 12 Vier-Sterne-Rekruten (High-School-Rekruten werden auf einer Sternenskala bewertet, wobei ein Stern einen Rekruten von geringer Qualität und fünf Sterne den Rekruten von höchster Qualität anzeigt). Zu diesen neuen Rekruten gehörten die zukünftigen Stars Victor Abiamiri , Chinedum Ndukwe , Brady Quinn , Jeff Samardzija und Tom Zbikowski
Carlyle Holiday und Ryan Grant im Back Field gegen Washington State
Die Iren begannen ihre Saison auf dem 19. Platz und standen vor dem härtesten Zeitplan der Nation. Sie eröffneten gegen die Washington State Cougars und spielten zum ersten Mal in der Geschichte des Programms gegen das Team. Die Iren kamen aus ist nach unten um 19 Punkte zurück in gewinnen Überstunden , aber Carlyle Ferien kämpfte als quarter. Im nächsten Spiel gegen den Rivalen Michigan rächten die Wolverines ihre Niederlage von 2002, indem sie die Iren beim ersten Shutout der Serie seit 100 Jahren mit 38: 0 besiegten und die größte Gewinnspanne aller Zeiten zwischen den beiden Teams erzielten. Nach einer weiteren Niederlage gegen den Staat Michigan forderten viele irische Fans, dass Holiday zugunsten des Neulings Brady Quinn aus dem Spiel genommen werden sollte, der seine erste College-Aktion im vierten Quartal der Niederlage gegen Michigan erlebte. Holiday wurde als Starter für das nächste Spiel gegen Purdue ersetzt .
Bei Quinns erstem Start wurden die Iren mit Quinns 297 Yards bei 59 Versuchen gestärkt. Purdues Verteidigung fing jedoch vier von Quinns Pässen ab und entließ ihn fünfmal auf dem Weg zu einem 23-10 Boilermaker-Sieg. Quinn blieb der Starter und gewann mit Willinghams Anerkennung, dass das laufende Spiel im nächsten Spiel eine größere Rolle spielen musste, seinen ersten Sieg gegen Pittsburgh . Er wurde von Julius Jones 'Schulrekord von 262 Rushing Yards unterstützt. Notre Dame verlor die nächsten drei Spiele, darunter Willinghams zweite Niederlage in Folge gegen USC mit 31 Punkten, eine Niederlage in letzter Minute gegen das Boston College und die erste Heimniederlage seit 1978 gegen Florida State. Die irischen Spieler bezeichneten die Saison als enttäuschend, da die Mannschaft ihre letzten vier Spiele gewinnen musste, um ein Bowl-Spiel zu machen. Sie schienen eine Chance zu haben, sich für eine Schüssel zu qualifizieren, da ihre nächsten drei Spiele ein Last-Minute-Sieg waren, der ihre Serie auf 40 Spiele gegen Navy verbesserte, ein Sieg am Seniorentag gegen die Cougars der Brigham Young University (BYU) und ein Sieg über Stanford, der die irische Offensive sah, verband sich schließlich in der Saison. Notre Dame verlor jedoch sein letztes Spiel gegen Syrakus. Mit einem 5-7 Rekord beendeten die Iren mit der zwölften verlorenen Saison in der Geschichte des Notre-Dame-Fußballprogramms.