Analyse der molekularen Varianz - Analysis of molecular variance

Die Analyse der molekularen Varianz ( AMOVA ) ist ein statistisches Modell für den molekularen Algorithmus in einer einzelnen Spezies , typischerweise biologisch . Der Name und das Modell sind von ANOVA inspiriert . Die Methode wurde 1992 von Laurent Excoffier , Peter Smouse und Joseph Quattro an der Rutgers University entwickelt .

Seit der Entwicklung von AMOVA hat Excoffier ein Programm zur Durchführung solcher Analysen geschrieben. Dieses Programm, das unter Windows ausgeführt wird , heißt Arlequin und ist auf der Website von Excoffier frei verfügbar. Es gibt auch Implementierungen in R-Sprache in den Paketen ade4 und pegas, die beide auf CRAN (Comprehensive R Archive Network) verfügbar sind. Eine weitere Implementierung ist Info-Gen , das auch unter Windows ausgeführt wird . Die Studentenversion ist kostenlos und voll funktionsfähig. Die Muttersprache der Anwendung ist Spanisch, es ist jedoch auch eine englische Version verfügbar.

Ein zusätzliches kostenloses Statistikpaket, GenAlEx, ist sowohl auf Lehre als auch auf Forschung ausgerichtet und ermöglicht die Verwendung und den Vergleich komplexer genetischer Analysen innerhalb der häufig verwendeten Microsoft Excel-Oberfläche. Diese Software ermöglicht die Berechnung von Analysen wie AMOVA sowie Vergleiche mit anderen Arten eng verwandter Statistiken, einschließlich F-Statistiken und Shannons Index, und mehr.

Verweise

  1. ^ Excoffier, L; Smouse, Pe; Quattro, Jm (Juni 1992). "Analyse der molekularen Varianz, abgeleitet aus metrischen Abständen zwischen DNA-Haplotypen: Anwendung auf humane mitochondriale DNA-Restriktionsdaten" (Freier Volltext) . Genetik . 131 (2): 479–91. ISSN   0016-6731 . PMC   1205020 . PMID   1644282 .
  2. ^ Peakall, R. und Smouse PE (2012) GenAlEx 6.5: genetische Analyse in Excel. Populationsgenetische Software für Lehre und Forschung - ein Update. Bioinformatics 28, 2537–2539.

Externe Links