Vergleichende Toxikogenomik-Datenbank - Comparative Toxicogenomics Database
Entwickler | Department of Biological Sciences der North Carolina State University und Department of Bioinformatics, MDI Biological Laboratory |
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Erstveröffentlichung | 12. November 2004 |
Verfügbar in | Englisch |
Typ | Bioinformatik , Datenanalyse |
Webseite | ctdbase |
Die Comparative Toxicogenomics Database ( CTD ) ist eine öffentliche Website und ein Forschungstool, die im November 2004 gestartet wurde und wissenschaftliche Daten kuratiert, die die Beziehungen zwischen Chemikalien/Arzneimitteln, Genen/Proteinen, Krankheiten, Taxa, Phänotypen, GO-Annotationen, Signalwegen und Interaktionsmodulen beschreiben. Die Datenbank wird vom Department of Biological Sciences der North Carolina State University verwaltet .
Hintergrund
Die Comparative Toxicogenomics Database (CTD) ist eine öffentliche Website und ein Forschungstool, das wissenschaftliche Daten kuratiert, die die Beziehungen zwischen Chemikalien, Genen/Proteinen, Krankheiten, Taxa, Phänotypen, GO-Annotationen, Signalwegen und Interaktionsmodulen beschreiben und am 12. November 2004 veröffentlicht wurden Die Datenbank wird vom Department of Biological Sciences der North Carolina State University verwaltet.
Ziele und Zielsetzungen
Eines der Hauptziele von CTD besteht darin, das Verständnis der Auswirkungen von Umweltchemikalien auf die menschliche Gesundheit auf genetischer Ebene zu verbessern , einem Gebiet, das als Toxikogenomik bezeichnet wird .
Die Ätiologie vieler chronischer Krankheiten beinhaltet Wechselwirkungen zwischen Umweltfaktoren und Genen, die wichtige physiologische Prozesse modulieren. Chemikalien sind ein wichtiger Bestandteil der Umwelt. Es ist bekannt, dass Erkrankungen wie Asthma , Krebs, Diabetes , Bluthochdruck , Immunschwäche und Parkinson von der Umwelt beeinflusst werden; die molekularen Mechanismen, die diesen Korrelationen zugrunde liegen, sind jedoch nicht gut verstanden. CTD kann helfen, diese Mechanismen aufzulösen. Die aktuellste umfangreiche Liste von begutachteten wissenschaftlichen Artikeln über CTD ist auf der Publikationsseite verfügbar
Kerndatei
CTD ist eine einzigartige Ressource, in der Biokuratoren die wissenschaftliche Literatur lesen und vier Arten von Kerndaten manuell kuratieren:
- Chemische Gen-Wechselwirkungen
- Chemische Krankheitsverbände
- Gen-Krankheit-Assoziationen
- Chemisch-phänotypische Assoziationen
Datenintegration
Durch die Integration der oben genannten vier Datensätze konstruiert CTD automatisch mutmaßliche chemische-Gen-Phänotyp-Krankheits-Netzwerke, um molekulare Mechanismen zu beleuchten, die umweltbeeinflussten Krankheiten zugrunde liegen.
Diese abgeleiteten Beziehungen werden statistisch bewertet und eingestuft und können von Wissenschaftlern und Computerbiologen verwendet werden, um überprüfbare Hypothesen über toxikogenomische Mechanismen und ihren Bezug zur menschlichen Gesundheit zu generieren und zu überprüfen.
Benutzer können CTD durchsuchen, um wissenschaftliche Daten nach Chemikalien, Genen, Krankheiten oder Wechselwirkungen zwischen diesen drei Konzepten zu untersuchen. Derzeit integriert CTD toxikogenomische Daten für Wirbeltiere und Wirbellose.
CTD integriert Daten aus oder Hyperlinks zu diesen Datenbanken:
- ChemIDplus, ein Wörterbuch mit mehr als 400.000 Chemikalien in der US-amerikanischen National Library of Medicine
- Arzneimittelbank
- Projekt Data Infrastructure for Chemical Safety (diXa) Data Warehouse des European Bioinformatics Institute, das im November 2015 469 Verbindungen, 188 Krankheitsdatensätze in drei Unterkategorien Leber-, Nieren- und Herz-Kreislauf-Erkrankungen enthielt.
- Konsortium für Genontologie
- KEGG
- NCBI Entrez-Gene
- NCBI PubMed
- NCBI-Taxonomie
- NLM Medizinische Schlagworte
- OMIM
- Reaktom