Molecular Design Software - Molecular design software
Molecular Design Software ist eine bemerkenswerte Software für die molekulare Modellierung , die besondere Unterstützung für die Entwicklung molekularer Modelle de novo bietet .
Im Gegensatz zu den üblichen molekularen Modellierungsprogrammen, wie zum Beispiel für Molekulardynamik und Quantenchemie , unterstützt diese Software direkt die Aspekte im Zusammenhang mit der Konstruktion molekularer Modelle, einschließlich:
- Molekulare Grafiken
- interaktives molekulares Zeichnen und konformative Bearbeitung
- Aufbau von Polymermolekülen, Kristallen und solvatisierten Systemen
- Partialladungen Entwicklung
- Geometrieoptimierung
- Unterstützung für die verschiedenen Aspekte der Kraftfeldentwicklung
Vergleich von Software, die die Hauptaspekte des molekularen Designs abdeckt
- 3D - molekulare Grafiken
- Maus - Zeichnungsmolekül mit der Maus
- Poly - Polymer - Gebäude
- DNA - Nukleinsäurebildung
- Pept - Peptidaufbau
- Kristallkristallgebäude
- Lösungsmittel - Lösungsmittelzugabe
- Q - Teilkosten
- Dock - Andocken
- Min - Optimierung
- MM - molekulare Mechanik
- QM - Quantenmechanik
- FF - unterstützt die Kraftfeldentwicklung
- QSAR - 2D-, 3D- und Gruppen-QSAR
- FBLD - Fragmentbasiertes Ligandendesign
- FE - Näherungen für freie Energie
- SN - Raumfahrt
3D | Maus | Poly | DNA | Pept | Cryst | Solv | Q. | Dock | Mindest | MM | QM | FF | QSAR | FBLD | FE | SN | Webseite | Bemerkungen | |
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Abalone | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Nein | Ja | Ja | Ja | Ja | Nein | biomolecular-modeling.com | Biomolekulare Grafikumgebung: Makromolekülbauer, GPU-beschleunigte MD | |||
BERNSTEIN | Nein | Nein | Nein | Ja | Ja | Nein | Nein | Ja | Nein | Ja | Ja | Nein | Ja | Nein | Ja | ambermd.org | Klassisches molekulares Modellierungsprogramm | ||
Ascalaph Designer | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Nein | Ja | Ja | Ja | Ja | Nein | Agiles Molekül | Gemeinsame molekulare Modellierungssuite | |||
BOSS | Nein | Nein | Nein | Nein | Nein | Nein | Nein | Ja | Nein | Ja | Ja | Ja | Ja | Nein | Yale Universität | OPLS Erfinder | |||
Discovery Studio | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Dassault Systèmes BIOVIA | Molekülmodellierungsumgebung für kleine und makromolekulare Systeme | |||
DOCK | Nein | Nein | Nein | Nein | Nein | Nein | Nein | Ja | Ja | Ja | Ja | Nein | Nein | Nein | Universität von Kalifornien | DOCK-Algorithmus | |||
Firefly (PC GAMESS) | Nein | Nein | Nein | Nein | Nein | Nein | Nein | Ja | Nein | Ja | Nein | Ja | Ja | Nein | Moskauer Staatsuniversität | Ab initio und DFT Computerchemieprogramm | |||
FoldX | Nein | Nein | Nein | Nein | Nein | Nein | Nein | Ja | Nein | Ja | Ja | Nein | Ja | Nein | CRG | Ein Kraftfeld für Energieberechnungen und Proteindesign | |||
Lead Finder | Nein | Nein | Nein | Nein | Nein | Nein | Nein | Ja | Ja | Nein | Ja | Nein | Nein | Nein | MolTech | Molekulares Docking-Paket | |||
Materials Studio | Ja | Ja | Ja | Nein | Nein | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Nein | Dassault Systèmes BIOVIA | Software-Umgebung | |||
Molekulare Betriebsumgebung (MOE) | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Chemical Computing Group | Plattform für molekulare Modellierungs- / Wirkstoffentdeckungsanwendungen, programmiert in Scientific Vector Language, um die Anpassung und Entwicklung von Anwendungen zu ermöglichen | ||
Rosetta (RosettaCommons) | Nein | Nein | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Nein | Ja | Nein | RosettaCommons | Eine Suite für die Modellierung von Makromolekülen. Algorithmen zur Modellierung und Analyse von Proteinstrukturen. Wichtige Fortschritte beim De-novo-Proteindesign, Enzymdesign, Ligandendocking und Strukturvorhersage | |||
SAMSON | Ja | Ja | Nein | Nein | Nein | Ja | Nein | Nein | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Nein | SAMSON Connect | Computational Nanoscience (Biowissenschaften, Materialien usw.); modulare Architektur, Module werden als Elemente bezeichnet; frei | |||
Scigress | Ja | Ja | Ja | Nein | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Ja | Fujitsu | Allgemeine molekulare Modellierungssuite | |||
spartanisch | Ja | Ja | Nein | Ja | Ja | Nein | Ja | Ja | Nein | Ja | Ja | Ja | Nein | Nein | Wellenfunktion | Molekulares Modellierungswerkzeug mit molekularer Mechanik und quantenchemischen Motoren | |||
Basteln | Nein | Nein | Nein | Nein | Ja | Nein | Nein | Ja | Nein | Ja | Ja | Nein | Nein | Nein | Washington University | Werkzeuge für das Proteindesign; Freeware | |||
Winmostar | Ja | Ja | Ja | Nein | Nein | Ja | Ja | Ja | Nein | Ja | Ja | Ja | Ja | Nein | X-Fähigkeit | Programm zur molekularen Modellierung und Visualisierung für die Materialwissenschaften |
Notizen und Referenzen
Siehe auch
- Moleküleditor
- Molekulare Modellierung
- Molekulare Modellierung auf GPUs
- Proteindesign
- Medikamentendesign
- Kraftfeld (Chemie)
- Vergleich von Kraftfeldimplementierungen
- Vergleich der Nukleinsäuresimulationssoftware
- Vergleich von Software zur molekularmechanischen Modellierung
- Liste der molekularen Grafiksysteme
- Liste der Software für die molekulare Modellierung nach Monte Carlo
- Liste der Software zur Modellierung von Nanostrukturen
- Computerprogramme für die Quantenchemie
- Quantitative Struktur-Aktivitäts-Beziehung
Externe Links
- molekulares Design IUPAC- Begriffsdefinition.
- Zeitschrift für computergestütztes molekulares Design
- Ressourcen für die molekulare Modellierung
- Codes für Materialmodellierung und Computersimulation
- Click2Drug.org Verzeichnis der in silico (computergestützten) Tools für das Wirkstoffdesign.
- Journal of Chemical Information and Modeling
- Journal of Computational Chemistry