PyMOL - PyMOL
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 Eine PyMOL-Instanz mit sichtbarem Viewer und GUI.
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| Originalautor(en) | Warren Lyford DeLano |
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| Entwickler | Schrödinger, Inc. |
| Erstveröffentlichung | 2000 |
| Stabile Version | 2.5.2 / 20. August 2021
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| Repository | |
| Geschrieben in | C , C++ , Python |
| Betriebssystem | Plattformübergreifend : macOS , Unix , Linux , Windows |
| Plattform | IA-32 , x86-64 |
| Verfügbar in | Englisch |
| Typ | Molekulare Modellierung |
| Lizenz | Python |
| Webseite | PyMOL |
PyMOL ist ein Open-Source- Molekularvisualisierungssystem, das von Warren Lyford DeLano entwickelt wurde . Es wurde ursprünglich von DeLano Scientific LLC kommerzialisiert, einem privaten Softwareunternehmen, das sich der Entwicklung nützlicher Tools verschrieben hat, die für Wissenschafts- und Bildungsgemeinschaften allgemein zugänglich sind. Es wird derzeit von Schrödinger, Inc. kommerzialisiert . PyMOL kann hochwertige 3D-Bilder von kleinen Molekülen und biologischen Makromolekülen wie Proteinen erstellen . Nach Angaben des ursprünglichen Autors wurde 2009 fast ein Viertel aller in der wissenschaftlichen Literatur veröffentlichten Bilder von 3D-Proteinstrukturen mit PyMOL erstellt.
PyMOL ist eines der wenigen Open-Source- Tools zur Modellvisualisierung, die für den Einsatz in der Strukturbiologie verfügbar sind . Der Py- Teil des Namens der Software weist darauf hin, dass das Programm in der Programmiersprache Python geschrieben wurde .
PyMOL verwendet die OpenGL Extension Wrangler Library (GLEW) und FreeGLUT und kann Poisson-Boltzmann-Gleichungen mit dem adaptiven Poisson-Boltzmann-Solver lösen . PyMOL verwendete Tk für die GUI-Widgets und verfügte über native Aqua- Binärdateien für macOS über Schrödinger , die mit der Veröffentlichung von Version 2.0 auf allen Plattformen durch eine PyQt- Benutzeroberfläche ersetzt wurden .
Geschichte und Kommerzialisierung
Frühe Versionen von PyMol wurden unter der Python-Lizenz veröffentlicht . Am 1. August 2006 hat DeLano Scientific ein Download-System mit kontrolliertem Zugriff für vorkompilierte PyMOL-Builds (einschließlich Betas) eingeführt, die vom Unternehmen vertrieben werden. Der Zugriff auf diese ausführbaren Dateien ist jetzt auf registrierte Benutzer beschränkt, die zahlende Kunden sind; Bildungs-Builds stehen Schülern und Lehrern kostenlos zur Verfügung. Der Großteil des aktuellen Quellcodes ist jedoch weiterhin kostenlos verfügbar, ebenso wie ältere vorkompilierte Builds. Während die Build-Systeme für andere Plattformen offen sind, ist das Build-System der Windows-API (WinAPI, Win32) nicht geöffnet , obwohl inoffizielle Windows-Binärdateien online verfügbar sind. Jeder kann entweder kompiliert eine ausführbare Datei aus der Python-lizenzierten Quellcode oder zahlt für ein Abonnement für Support - Service Zugriff auf vorkompilierte ausführbaren Dateien zu erhalten.
Am 8. Januar 2010 hat Schrödinger, Inc. eine Vereinbarung zum Erwerb von PyMOL getroffen. Das Unternehmen übernahm Entwicklung, Wartung, Support und Vertrieb von PyMOL, einschließlich aller dann gültigen Abonnements. Sie unterstützen auch weiterhin aktiv die Open-Source-Community von PyMOL. 2017 hat Schrödinger das Distributionssystem überarbeitet, um die Benutzeroberfläche unter Qt und die Paketverwaltung unter Anaconda zu vereinheitlichen , und als PyMol v2 veröffentlicht. Diese Version schränkt einige neue Funktionalitäten ein und fügt der Visualisierung ein Wasserzeichen hinzu, wenn sie über den 30-tägigen Testzeitraum hinaus unlizenziert verwendet wird; die allgemeine Lizenzpolitik ist ähnlich wie beim DeLano-System. Der Quellcode bleibt größtenteils verfügbar, diesmal unter einer BSD-ähnlichen Lizenz. Wie bei der vorherigen Distribution sind inoffizielle Windows-Binärdateien im Wheel-Format verfügbar, und tatsächlich stellen Linux-Distributionen weiterhin ihre eigenen Builds des Open-Source-Codes bereit.
Elementfarben
PyMOL wendet die Ballfärbung nach Element an.
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Galerie
Beispiel für einige Molekülbearbeitungsfunktionen von PyMOL, Dieder-Bindungsrotation und interaktive molekulare Relaxation mit dem Sculpting-Modus . Dies sind nützliche Funktionen zur Vorbereitung der Eingabegeometrie für Quantenchemie-Software
Dieselbe Proteinstruktur ( TEV-Protease - PDB : 1LVB ) in verschiedenen Modi gerendert. Standard-Cartoon, Oberfläche, durchbrochene Oberfläche, hervorgehobene Fässer, ' QuteMol' -ähnliche, 'Goodsell'-ähnliche, glänzende Oberfläche und B-Faktor- Putty.
Siehe auch
- Vergleich von Software für die molekularmechanische Modellierung
- Liste molekularer Grafiksysteme
- Molekulare Modellierung
- Abalone
- Gabedit
- Molden
- Molekel
- RasMol
- SAMSON
- UCSF-Chimäre
- Liste der kostenlosen und Open-Source-Softwarepakete